Филогенетические связи рыбообразных и рыб

По Г. В. Никольскому (1971), от каких-то древних черепных водных животных произошли бесчелюстные и челюстные. Группа панцирных бесчелюстных вымерла в конце девона. До настоящего времени сохранились только непанцирные бесчелюстные (миноги и миксины).

Наиболее древняя группа челюстных – панцирные рыбы (2 подкласса) – вымерла к началу каменноугольного периода, а акантодии (древние челюстно-жаберные рыбы с полной жаберной щелью между челюстной и гиоидной дугами) окончательно исчезли в пермском периоде к концу палеозойской эры.
По Л. С. Бергу (1940), от древних панцирных произошли акантодии, а от них – хрящевые и костные рыбы.
Хрящевые – акулообразные и цельноголовые, костные – кистеперые и лучеперые. От кистеперых произошли двоякодышащие.
Остатками древней фауны являются химерообразные, двоякодышащие и кистеперые. Хрящевые пережили свой «расцвет» в перми и триасе, двоякодышащие – в девоне и каменноугольном периоде.
В развитии лучеперых большую роль играли древние палеонисциды. Эти формы, вероятно, дали начало хрящевым и костным ганоидам. От костных ганоидов произошли современные костистые – прогрессивная боковая ветвь, отошедшая в сторону от общего ствола позвоночных. Хрящевые (осетрообразные) и костные (амия и панцирники) ганоиды являются остатками древних более многочисленных форм.